Klosterkirken i Horsens er den sidste rest af et middelalderligt franciskanerkloster, der blev grundlagt i 1261. Kirken udgjorde nordfløjen i et 4-fløjet klosterkompleks, som lå på det område der i dag afgrænses af Borgergade, Havnealle, Åboulevarden og Badstuestræde. Munkene i klosteret var tiggermunke, der skulle skaffe til klosterets drift ved tiggeri og almisser. Arkæologiske fund syd for klosteret ned mod åen tyder dog på, at der blev drevet en del handel.
Under reformationstidens uro i 1520-erne opstod der strid mellem byen og klostret, og det endte i 1532 med, at Horsens by af kong Frederik I fik tilladelse til at overtage kirken og klostret og jage munkene ud af byen. Klosterbygningerne blev efterhånden revet ned, bortset fra kirken og klostrets nordlige korsgang, der blev ombygget og inddraget i kirken som et søndre sideskib. Da de mange munke nu var væk, fik kirken en helt anden funktion som ny sognekirke for byens borgere. De mange sidealtre, hvor munkene havde tilbedt og fejret den katolske kirkes mange helgener, blev fjernet fra kirken. De bemalede korstole, som blev benyttet til brødrenes fem daglige gudstjenester, og altertavlen med Jesu Korsfæstelse, der var indsat i kirken efter en voldsom brand i 1497, fik derimod lov til at blive i kirken. Kun 40 år gamle var de sandsynligvis for nye og gode til at smide ud, så de indgik i nyindretningen, som hovedsageligt blev i renæssancestilen.
Klosterkirken fungerede som byens sognekirke frem til 1794, hvor Vor Frelser Kirke på Torvet overtog denne rolle.
